Matapos magapi ng mga Kastila si Rajah Soliman at ang kanyang mga kapanalig ay pinagpapatay ng mga Kastila ang maraming Muslim, bata man o matanda.Gayon pa man ang mga Muslim ay matatag at magiting na nagtanggol hanggang sa huling hibla ng kanilang hininga.

Sa ikaapat na panggagalugad, narating ni Ruy Lopez de Villalobos ang Kapuluan ng Pilipinas at pinangalanan niya ang mga pulo mula kay Philip II na noon ay may katayuan bilang tagapagmana ng trono ng Kaharian ng Espanya, bagaman hindi pa pormal na naitatag ang Pilipinas bilang opisyal na Kolonya ng Espanya.

Naging pormal na Kolonya ng Espanya ang Pilipinas noong 1565 nang italaga ni Haring Philip II (nanungkulan bilang hari ng Espanya mula 1556 hanggang 1598 Noong 1571, pinili ni Legazpi ang Maynila upang maging kabisera ng kolonya.

Ang mga Kastila ay nagtatag ng kanilang punong himpilan sa Maynila at ipinagpatuloy ang pagsakop sa Isla ng Bisaya.

Ang mga Muslim na hindi namatay sa labanan ay napilitang ipatat’wa ang Relihiyong Islam at ipinayakap ang Relihiyon ng mga Kastila ang Kristiyanismo sa dulo ng Espada.

Nagpatayo si Magellan ng isang krus sa nasabing mga lupain.

Pagkaraang ipakilala nina Raha Kolambu at Raha Siagu si Magellan kay Raha Humabon ng Cebu.

Ang Pilipinas ay pinangasiwaan ng Espanya magmula sa Mehiko (Bagong Mehiko).

Ang pangangalakal ay isinagawa sa pamamagitan ng mga galeon na naglalayag sa pagitan ng Canton at ng Acapulco, Mehiko, kung kailan ang Pilipinas ay gumaganap bilang daungan, angkatan, at luwasan ng mga kalakal.

Isang bansang sumasamba sa nag-iisang tunay na Diyos.

Katotohanang nakatala sa kasaysayan ng bansang Pilipinas na nang dumating si Legaspi (kapalit ng namatay na si Magellan), ang komunidad ng mga Muslim ay ganap ng naitatag sa Batangas, Pampanga, Mindoro, Panay, Cataduanes, Cebu, Samar, Manila, Palawan, Mindanao at Sulu.

Naging bahagi ng patakaran ng Espanya ukol sa Pilipinas ang tatlong mga layunin: ang makapaghanap ng mga mapagkukunan ng maikakalakal na mga pampalasa; ang mapaunlad ang pakikipag-ugnayan at ang katayuan ng Kristiyanismo sa Tsina at sa Hapon; at ang upang maging ganap ang pagiging mga Kristiyano ng sinaunang mga Pilipino.